지난 2007년 이명박정부의 출범 이후, 불교권을 중심으로 기독교에 대한 종교편향논란이 지속적으로 제기되어 왔다. 이명박대통령은 2004년 서울시장 재임 당시 ‘서울시봉헌’ 발언으로 50여 불교단체로부터 곤혹을 치렀으며, 지난 2009년에는 김진홍목사(두레교회)를 청와대에 초청해 주일예배를 드렸다는 이유로 불교계에서 종교편향 시비를 붙였다. 2012년에는 김 신 대법관후보자가 교회관련 형사사건의 합의조정이 이루어진 후 기독교 당사자들간에 기도를 권고한 일과, 기독교집회에서 ‘부산을 성시화하겠다’ 발언한 것을 두고 대법관으로서의 자격시비 논란이 일며 비방이 심각했다.

이에 한국장로교총연합회(대표회장-윤희구목사)는 2012년 07월 11일 김 신 대법관후보자의 인사청문회를 앞두고 종교편향 자격논란에 대한 입장을 국회 각 당으로 보내 문제점을 지적하고 바르게 입법활동을 해줄 것을 요청했고, 한국교회연합(대표회장-김요셉목사)도 “민주당과 불교계는 김후보자에 대한 종교편향적 공격을 즉각 중단하라”고 촉구하며 마녀사냥식 공격과 자진사퇴 요구를 중단할 것을 표명했었다. 오랜 논란 끝에 대법관 임명이 적합하지 않다는 지적을 받았던 김 신 대법관 후보의 임명안이 힘들게 국회를 통과해, 2012년 08월 6일 청와대에서 대법관 임명장을 받았다.

절실한 불교신자였던 노태우 전대통령 정권 때나, 역대 어느 정권에서도 크게 문제 삼지 않았던 부분들이 현정권의 정책이나 인사 관련해서는 종교문제로 이슈가 되고 있는 것이다. 노태우대통령은 정권 당시 대구 팔공산에 위치한 불교 동화사에 통일대불을 세우며 지원하였고, 특히 불교계는 문화재보호라는 명목으로 지금까지 국가의 지원을 받아왔다.

처음 현 정권에서 종교문제가 불거진 것은 2008년 수도권 대중교통 정보시스템에서 사찰표기가 시스템 유지관리업체의 실수로 빠지면서 시작됐다. 그 당시 불교계는 ‘특정 종교선교를 위한 의도적인 누락’이라고 반발하였고, 4대강 사업을 반대하던 불교계 유력인사에 대한 경찰력 개입 당시 강하게 비판하기도 했다. 이후 지난 2010년 12월에는 황우여 의원이 기독법조인 모임 애중회에서 ‘가능하면 모든 대법관이 하나님 앞에 기도하는 이들이기를 바란다’는 발언으로 정치권과 불교계의 사퇴요구가 이어졌다. 특히 2011년 3월 국가조찬기도회에서 당시 한기총 대표회장이었던 길자연목사의 제안으로 참석자들 모두가 바닥에 무릎을 꿇고 기도하는 자리에서 이명박대통령도 무릎을 꿇고 기도한 것을 두고 국격을 훼손했다며 큰 분노를 표했었다.

한장총 대표회장인 윤희구목사는 이에 대해 “불교계는 전문적인 법조인들과 함께 종교편향문제에 대해 의논하지만 교회들은 이 문제에 대한 심각성을 인식하지 못하고 있다. 개교회가 바로 앞의 문제만 신경 쓴다면 이러한 문제는 더욱 심해질 것이라며 심각성을 인식하고 한국교회가 연합해서 대처해야 할 것이다”라고 말했다.